我正在尝试在病毒与其宿主之间建立关联矩阵。我有一个包含 2 列（病原体和主机）的数据框，如下所示：
pathogen <- c("A_virus", "B_virus","B_virus", "C_virus","C_virus", "D_virus", "D_virus")
host <- c("Human", "Human","Dog", "Lion", "Human", "Gorilla", "Dog")
FoundIn <- data.frame(pathogen,host)
FoundIn
pathogen host
[1] A_virus Human
[2] B_virus Human
[3] B_virus Dog
[4] C_virus Lion
[5] C_virus Human
[6] D_virus Gorilla
[7] D_virus Dog我想要一个 dataframe 包含关联为 1 和无关联为 0，如下所示：
Human Dog Lion Gorilla
A_virus 1 0 0 0
B_virus 1 1 0 0
C_virus 1 0 1 0
D_virus 0 1 0 1有没有一种简单的方法可以做到这一点？
回答1
使用 xtabs：
xtabs(~ pathogen + host, data = FoundIn)
# host
# pathogen Dog Gorilla Human Lion
# A_virus 0 0 1 0
# B_virus 1 0 1 0
# C_virus 0 0 1 1
# D_virus 1 1 0 0或者
table(FoundIn$pathogen, FoundIn$host) # same output请注意，这不是 data.frame，它是类 table。为了将该格式变成 data.frame，您必须使用行名。这当然是可行的，
tbl <- xtabs(~ pathogen + host, data = FoundIn)
class(tbl) <- "matrix"
as.data.frame(tbl)
# Dog Gorilla Human Lion
# A_virus 0 0 1 0
# B_virus 1 0 1 0
# C_virus 0 0 1 1
# D_virus 1 1 0 0但要知道许多工具（尤其是 dplyr 和 tidyverse 元包中的其他包）会忽略并且有时会故意删除行名，因此通常不鼓励使用它们，而是建议将它们移动到显式列（例如, 使用 tibble::rownames_to_column，在基础 R 中也很容易）。